La variante sudafricana, poi ribattezzata con la lettera greca Omicron, spaventa il mondo per la possibile maggiore contagiosità tanto che la presidente della Commissione Europea Ursula von der Leyen parla di "una corsa contro il tempo" contro la nuova mutazione del Covid-19 rilevata anche in Italia. "Ci vorranno due o tre settimane per avere una fotografia precisa della variante. Dobbiamo usare questo tempo. La priorità è vaccinare, fare i booster perché alzano il livello di anticorpi e stimolano la memoria immunitaria" dice la von der Leyen ma il problema potrebbe essere proprio questo, il rischio concreto che la variante Omicron sia "invisibile" al vaccino a causa dell'alto numero di mutazioni presenti nella proteina Spike del virus.
I primi casi identificati in Botswana, Paese dell'Africa australe che confina a sud con il Sudafrica, non sono rassicuranti. Nella nota rilasciata dal governo di Gaborone il 25 novembre è scritto a chiare lettere che "lunedì 22 novembre 2021 sono stati segnalati e registrati quattro casi di una nuova variante COVID-19 ora nota come B.1.1.529", il lignaggio Omicron. Si tratta di viaggiatori che sono risultati positivi al SARS-COV-2 durante i test di routine prima del viaggio, si legge nella nota. "l rapporto preliminare ha rivelato che tutti e quattro erano stati completamente vaccinati per il COVID-19" dice il governo del Botswana che spiega: "Il tracciamento dei contatti ha rivelato contatti stretti che sono attualmente in attesa dei loro risultati".
Per quanto riguarda il numero elevato di mutazioni, le "nuove varianti hanno il potenziale per influenzare la gravità della malattia, l'efficacia dei test che rilevano la malattia e la potenziale efficacia del vaccino. Al momento, l'impatto della variante nel mondo reale non è stato stabilito". La task force presidenziale smentisce poi "le affermazioni fatte da alcuni rapporti sui social media in circolazione che associano questi casi allo stato di HIV" dei pazienti.
Secondo i dati aggiornati al 20 novembre delle autorità sudafricane il lignaggio B.1.1.529 è stato identificato nel Gauteng, la provincia di Pretoria, nel genoma di 77 persone, oltre ai quattro in Botswana e il caso di Hong Kong, un viaggiatore proveniente dal Sudafrica. "I primi segnali dai laboratori diagnostici" fanno emergere che la variante "è rapidamente aumentata nel Gauteng e potrebbe essere già presente nella maggior parte delle province" del Paese.